Od 1. 1. 2022 jsou do národní legislativy implementována evropská nařízení č 1143/2014 a č. 708/2007. Invazní a nepůvodní druhy rostlin a živočichů jsou řešeny na třech úrovních:
- nepůvodní druhy obecně
- cizí a místně se nevyskytující druhy v akvakultuře (vyplývá z nařízení č. 708/2007)
- invazní nepůvodní druhy z unijního seznamu (vyplývá z nařízení č. 1143/2014)

Stěžejním právním předpisem je Zákon č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny v platném znění (více zde)
Invazní druhy z pozice karanténních škůdců a škodlivých organismů jsou řešeny Zákonem č. 326/2004 Sb., o rostlinolékařské péči (více zde).

Další právní předpisy zabývající se invazními a nepůvodními druhy:

Zákon č. 246/1992 Sb. na ochranu zvířat proti týrání nově v § 5 uvádí  jako důvod k usmrcení také eradikace či regulace invazního nepůvodního druhu a doplňují se také v § 14 výjimky z některých zakázaných způsobů odchytu či usmrcování těchto druhů při provádění opatření vůči invazním nepůvodním druhům

Zákon č. 99/2004 Sb., o rybářství uvádí v § 13 odst. 2 zákaz vrátit po ulovení zpět do vody invazní nepůvodní druh a zákaz použít invazní nepůvodní druh na unijním seznamu jako nástražní rybu. V § 13 odst. 5 a 6 zákona o rybářství se současně upravuje postup povolení výjimek ze zákazů, mj. i ve vazbě na monitoring a zajištění opatření k odstranění izolaci či regulaci invazních nepůvodních druhů.

Zákon č. 449/2001 Sb., o myslivosti podle nové právní úpravy stanovuje, že vybrané nepůvodní druhy vyžadující regulaci (mýval severní, psík mývalovitý, norek americký, nutrie říční, ondatra pižmová, husice nilská) mohou být loveny všemi s povolenkou od uživatele honitby. Druhy jsou stanoveny vyhláškou MZe č. 454/2021 Sb. o stanovení druhů živočichů vyžadujících regulaci.

Zákon č. 254/2001 Sb., vodní zákon, který v § 35, odst. 3 zakazuje „vypouštět ryby a ostatní vodní živočichy nepůvodních, geneticky nevhodných a neprověřených populací přirozených druhů do vodních toků a vodních nádrží bez souhlasu příslušného vodoprávního úřadu“.

Zákon č. 289/1995 Sb. o lesích ukládá vlastníkovi lesa „povinnost provádět taková opatření, aby se předcházelo a zabránilo působení škodlivých činitelů na les“ (§ 32). Škodlivými činiteli se rozumí mj. organismy, které „jsou původci chorob lesních porostů a rostlinní nebo živočišní škůdci lesních porostů“ (§ 2, písm. f,g). V případě invazních druhů by za škůdce lesních porostů mohly být brány druhy omezující produkčních (růst dřevin) a mimoprodukčních (půdoochranných a vodoochranných) funkcí lesa.

Následující právní předpisy nepůvodní druhy nezmiňují, lze je ale do příslušných paragrafů rovněž zahrnout:

Zákon č. 17/1992 Sb., o životním prostředí v § 28 stanovuje sankce za poškození životního prostředí, a to „do výše 1 000 000 Kč právnické nebo fyzické osobě oprávněné k podnikání, která při své činnosti porušením právních předpisu způsobí ekologickou újmu a až do výše 500 000 Kč právnické nebo fyzické osobě oprávněné k podnikání, která neučiní opatření k nápravě nebo neupozorní orgán státní správy“. Ekologická újma je definována v §10 jako „ztráta nebo oslabení přirozených funkcí ekosystému, vznikající poškozením jejich složek nebo narušením vnitřních vazeb a procesů v důsledku lidské činnosti“. Sem lze tedy zahrnout i zavlečení cizího druhu či zanedbání jeho regulace.

Zákon č. 123/1998 Sb., o právu na informace o životním prostředí v §13 uvádí, že „Ministerstvo životního prostředí, Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy spolu s dalšími ústředními správními úřady, kraje a obce v samostatné působnosti jsou povinny podporovat environmentální vzdělávání, výchovu a osvětu vycházející z principů udržitelného rozvoje zajišťované prostřednictvím státních i nestátních organizací“. Tohoto je možno využít při žádosti o podporu týkající se i osvěty o invazních druzích.

Zákon č. 128/2000Sb., o obcích umožňuje vydávat zastupitelstvu obce obecně závazné vyhlášky (§84, odst.2, písm.h). Na základě toho může obec vydat obecně závaznou vyhlášku „k zajištení udržování čistoty ulic a jiných veřejných prostranství, k ochraně životního prostředí, zeleně v zástavbě a ostatní veřejné zeleně“ (§10, písm.c). Obec může ve vyhlášce požadovat omezení šíření nebo likvidaci porostu invazních druhů za účelem ochrany životního prostředí.

Zákon č. 78/2004 Sb., o nakládání s geneticky modifikovanými organismy a genetickými produkty stanovuje pravidla pro práci s geneticky modifikovanými organismy (GMO). V § 17 se stanovuje, že do životního prostředí smí GMO uvádět pouze právnická osoba či fyzická osoba oprávněná k podnikání, které bylo uděleno povolení. Osoby pěstující GMO poskytují informace o místě jejich pěstování (§ 23). § 25 stanovuje, že „dovoz a vývoz GMO je možný jen u těch organismů, které jsou zapsány na Seznamu uvádění do oběhu nebo pro které byl vydán souhlas nebo povolení pro uvádění do oběhu příslušným úřadem členského státu“.